Charita ČR chrání soukromí všech zaměstnanců, dobrovolníků a klientů,  a to včetně ochrany jejich osobních dat. Dne 25. 5. 2018 nabylo účinnosti Nařízení Evropského parlamentu a Rady o ochraně fyzických osob.

Charita ČR zavedla procesy a postupy potřebné k zajištění ochrany při zpracování osobních údajů fyzických osob. Tato pravidla jsou v souladu s evropskou regulací (GDPR).